vetpressАграрная наукаAgrarian science0869-81552686-701XРедакция журнала "Аграрная наука"10.32634/0869-8155-2024-389-12-109-112vetpress-3375Research ArticleЗООТЕХНИЯZOOTECHNICSПолиморфизм некодирующих последовательностей у овец карачаевской породыPolymorphism of non-coding sequences in karachai sheepДжатдоевХ. М.DzhatdoevKh. M.

Хызыр Магометович Джатдоев, кандидат сельскохозяйственных наук, директор научно-образовательного селекционного центра коневодства 

Khyzyr Magometovich Dzhatdoev, Candidate of Agricultural Sciences, Director of the Scientific and Educational Breeding Center for Horse Breeding

 36 Stavropolskaya Str., Cherkessk, 369000

 

 

h.jatdo@mail.ruЭркеновТ. А.ErkenovT. A.

Тимур Алипович Эркенов, кандидат сельскохозяйственных наук, директор Аграрного института

Timur Alipovich Erkenov, Candidatе of Agricultural Sciences, Director of the Agricultural Institute

36 Stavropolskaya Str., Cherkessk, 369000

erkenov_timur@yahoo.comСеверо-Кавказская государственная академияРоссияNorth Caucasus State AcademyRussian Federation202418122024012109112Copyright © Джатдоев Х.М., Эркенов Т.А., 20242024Джатдоев Х.М., Эркенов Т.А.Dzhatdoev K.M., Erkenov T.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.vetpress.ru/jour/article/view/3375

Актуальность. Генетическая структура автохтонных пород овец представляет особый интерес, поскольку позволяет оценивать пути распространения генетических потоков древнего овцеводства, а также выявлять молекулярно-генетические системы и их полиморфизм, ассоциированные с механизмами адаптации к меняющимся условиям окружающей среды. С целью сравнения генетических структур грубошерстных пород овец — карачаевской, калмыцкой и эдильбаевской, отличающихся по происхождению и условиям разведения, в работе оценены особенности генетических структур путем полилокусного генотипирования высокополиморфных геномных элементов — длинных концевых повторов пяти ретротранспозонов: SIRE-1, PaswS 5, BARE-1, BERV β-3 и BERV k-1. В результате получены данные о высоком полиморфизме фрагментов геномной ДНК, фланкированных инвертированными повторами участков этих ретротранспозонов, причем по трем из них (SIRE-1, PaswS 5 и BARE-1) калмыцкие и эдильбаевские овцы оказались ближе друг к другу, чем к карачаевской овце, что соответствует накопленным данным об уникальности происхождения и условий обитания карачаевской породы.

Relevance. The genetic structure of autochthonous sheep breeds is of particular interest, since it allows us to assess the ways of spreading the genetic streams of ancient sheep breeding, as well as to identify molecular genetic systems and their polymorphism associated with mechanisms of adaptation to changing environmental conditions. In order to compare the genetic structures of coarse-haired sheep breeds — Karachay, Kalmyk and Edilbaevskaya, differing in origin and breeding conditions, the features of genetic structures were evaluated by polylocus genotyping of highly polymorphic genomic elements — long terminal repeats of five retrotransposons: SIRE-1, PaswS 5, BARE-1, BERV β-3 and BERV k-1. As a result, data were obtained on the high polymorphism of genomic DNA fragments flanked by inverted repeats of the sites of these retrotransposons, and for three of them (SIRE-1, PaswS 5 and BARE-1) Kalmyk and Edilba sheep turned out to be closer to each other than to the Karachai sheep, which corresponds to the accumulated data on the uniqueness of origin and habitat conditions the Karachai breed.

автохтонные породыовцыкарачаевские овцыретротранспозоныполиморфизмполилокусное генотипированиегенетические дистанцииautochthonous breedssheepKarachai sheepretrotransposonspolymorphismpolylocus genotypinggenetic distancesИсследования выполнены в рамках государственного задания Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (тема Nº 1023083000004-7-4.1.1 «Генетические ресурсы карачаевской породы лошадей и карачаевской породы овец в разных эколого-географических зонах»).The research was carried out within the state assignment of Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation (theme No. 1023083000004-7-4.1.1 "Genetic resources of the Karachai breed of horses and the Karachai breed of sheep in different ecological and geographical zones").ReferencesГаджиев З.К. Перспективы развития грубошерстных овец мясошерстно-молочного направления продуктивности на Северном Кавказе. Сельскохозяйственный журнал, 2009; 2(2–2): 17–21.Gadzhiev Z.K. Prospects for the development of coarse-wool sheep of meat-wool-milk productivity in the North Caucasus. Agricultural Journal, 2009; 2(2–2): 17–21 (in Russian).Suárez-Vega A., Arranz J.J., Gutiérrez-Gil B. Integration of selective sweeps across the sheep genome: understanding the relationship between production and adaptation traits. Genet Sel Evol. 2024; 56(1): 40. https://doi.org/10.1186/s12711-024-00910-wSuárez-Vega A., Arranz J.J., Gutiérrez-Gil B. Integration of selective sweeps across the sheep genome: understanding the relationship between production and adaptation traits. Genet Sel Evol. 2024; 56(1): 40. https://doi.org/10.1186/s12711-024-00910-wYurchenko A.A. et al. High-density genotyping reveals signatures of selection related to acclimation and economically important traits in 15 local sheep breeds from Russia. BMC Genomics. 2019; 8: 20(S3): 294. https://doi.org/10.1186/s12864-019-5537-0Yurchenko A.A. et al. High-density genotyping reveals signatures of selection related to acclimation and economically important traits in 15 local sheep breeds from Russia. BMC Genomics. 2019; 8: 20(S3): 294. https://doi.org/10.1186/s12864-019-5537-0Глазко В.И., Косовский Г.Ю., Глазко Т.Т. Доместикация как частный случай эволюции: об универсальности принципов и механизмов (обзор). Сельскохозяйственная биология. 2023; 58(5): 821–839. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2023.5.821rusGlazko V.I., Kosovsky G.Yu., Glazko T.T. Domestication as a special case of evolution: on the universality of principles and mechanisms (review). Agricultural Biology. 2023; 58(5): 821–839 (in Russian). https://doi.org/10.15389/agrobiology.2023.5.821rusLaten H.M., Morris R.O. SIRE-1, a long interspersed repetitive DNA element from soybean with weak sequence similarity to retrotransposons: initial characterization and partial sequence. Gene. 1993; 8: 134(2): 153–159. https://doi.org/10.1016/0378-1119(93)90089-lLaten H.M., Morris R.O. SIRE-1, a long interspersed repetitive DNA element from soybean with weak sequence similarity to retrotransposons: initial characterization and partial sequence. Gene. 1993; 8: 134(2): 153–159. https://doi.org/10.1016/0378-1119(93)90089-lLaten H.M., Havecker E.R., Farmer L.M., Voytas D.F. ‘SIRE1, an Endogenous Retrovirus Family from Glycine max, Is Highly Homogeneous and Evolutionarily Young Mol. Biol. Evol. 2003; 20(8): 1222–1230. https://doi.org/10.1093/molbev/msg142Laten H.M., Havecker E.R., Farmer L.M., Voytas D.F. ‘SIRE1, an Endogenous Retrovirus Family from Glycine max, Is Highly Homogeneous and Evolutionarily Young Mol. Biol. Evol. 2003; 20(8): 1222–1230. https://doi.org/10.1093/molbev/msg142Lee J.H., Graybosch R.A., Kaeppler S.M., Sears R.G. A PCR assay for detection of a 2RL.2BS wheat-rye chromosome translocation. Genome. 1996; 39(3): 605–608. https://doi.org/10.1139/g96-076Lee J.H., Graybosch R.A., Kaeppler S.M., Sears R.G. A PCR assay for detection of a 2RL.2BS wheat-rye chromosome translocation. Genome. 1996; 39(3): 605–608. https://doi.org/10.1139/g96-076Manninen I., Schulman A.H. BARE-1, a’copia-like retroelement in barley (Hordeum vulgare L.). Plant Mol Biol. 1996; 22(5): 829–846. https://doi.org/10.1007/BF00027369Manninen I., Schulman A.H. BARE-1, a’copia-like retroelement in barley (Hordeum vulgare L.). Plant Mol Biol. 1996; 22(5): 829–846. https://doi.org/10.1007/BF00027369Galli J., Almiñana C., Wiesendanger M., Schuler G., Kowalewski M.P., Klisch K. Bovine placental extracellular vesicles carry the fusogenic syncytin BERV-K1. Theriogenology. 2024; 223: 59–69. https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2024.04.012Galli J., Almiñana C., Wiesendanger M., Schuler G., Kowalewski M.P., Klisch K. Bovine placental extracellular vesicles carry the fusogenic syncytin BERV-K1. Theriogenology. 2024; 223: 59–69. https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2024.04.012Baba K. et al. Identification of novel endogenous beta retroviruses which are transcribed in the bovine placenta. J Virol. 2011; 85(3):1237–1245. https://doi.org/10.1128/JVI.01234-10Baba K. et al. Identification of novel endogenous beta retroviruses which are transcribed in the bovine placenta. J Virol. 2011; 85(3): 1237–1245. https://doi.org/10.1128/JVI.01234-10Xiao R., Kim J., Choi H., Park K., Lee H., Park C. Characterization of the bovine endogenous retrovirus beta3 genome. Mol Cells. 2008; 29: 25(1): 142–147.Xiao R., Kim J., Choi H., Park K., Lee H., Park C. Characterization of the bovine endogenous retrovirus beta3 genome. Mol Cells. 2008; 29: 25(1): 142–147.Sakurai T., Kusama K., Imakawa K. Progressive Exaptation of Endogenous Retroviruses in Placental Evolution in Cattle. Biomolecules. 2023; 13(12): 1680. https://doi.org/10.3390/biom13121680Sakurai T., Kusama K., Imakawa K. Progressive Exaptation of Endogenous Retroviruses in Placental Evolution in Cattle. Biomolecules. 2023; 13(12): 1680. https://doi.org/10.3390/biom13121680Гладырь Е.А. и др. Оценка степени дифференциации эдильбаевской и калмыцкой пород овец по микросателлитам. Достижения науки и техники АПК. 2013; 3: 68–70.Gladyr E.A. et al. Evaluation of the degree of differentiation of the Edilbaevskaya and Kalmyk breeds of sheep by microsatellites. Achievements of science and technology of the agro-industrial complex. 2013; 3: 68–70 (in Russian).Nei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics. 1978; 89(3): 583–590. https://doi.org/10.1093/genetics/89.3.583Nei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics. 1978; 89(3): 583–590. https://doi.org/10.1093/genetics/89.3.583

The authors declare that there are no conflicts of interest present.