Escherichia coli является компонентом нормальной кишечной микробиоты человека и животных. Фенотипические и генотипические характеристики позволяют идентифицировать патогенные штаммы E. coli. Многочисленные патотипы, представляющие собой группы штаммов со специфическими патогенными характеристиками, были описаны на основе гетерогенных критериев. Использование возможностей полногеномного секвенирования привело к накоплению геномных данных, которые делают возможным популяционно-филогенетический подход к возникновению вирулентности, таким образом, E. coli дополнительно можно классифицировать на филогенетические группы. При анализе литературных данных установлено, что непатогенные E. coli, обитающие в желудочно-кишечном тракте животных, относятся к группе A, комменсальные и некоторые патогенные штаммы относятся к группе B1, InPEC — к группам D1, D2 и E, большинство ExPEC относятся к группе B2, а штаммы, которые фенотипически неразличимы и генетически разнообразны, относятся к кладу I. Появляющиеся штаммы E. coli с множественной лекарственной устойчивостью сложнее поддаются лечению и обусловливают более высокий риск бактериемии. Для эффективной профилактики и лечения инфекций, этиологическим агентом которых является E. coli, необходимо различать штаммы (патотипы, филогенетические группы) микроорганизма, вызывающие заболевания у животных, и штаммы, которые поражают человека через пищевую цепь, поскольку животные являются их резервуаром. Для разработки и внедрения эффективных профилактических стратегий необходимо лучшее понимание современной таксономии возбудителя, а также прослеживание геномной эволюции для формирования фундаментальных знаний с целью разработки не только эффективных вакцин, но и новых терапевтических средств для борьбы с этой группой разнообразных патогенов в рамках подхода «Единое здоровье».