Разработка и апробация тест-системы определения полиморфизма генов DGKH и PPP1R1C, ассоциированных с живой массой овец

Актуальность. Отечественное овцеводство отстает от других отраслей животноводства по темпам использования современных ДНК-технологий. Поиск новых генов — потенциальных кандидатов, ассоциированных с экономически значимыми признаками, — актуален для более полного раскрытия генетического потенциала овец. Ранее проведенный поиск полногеномных ассоциаций показал, что гены DGKH и PPP1R1C оказывают определенное влияние на живую массу овец при рождении и в возрасте 90 дней. В связи с этим более детальное изучение полиморфизма в генах DGKH и PPP1R1C может углубить понимание о процессах роста и развития у домашних овец, поэтому были выбраны эти гены как целевые для проведения эксперимента. 
Методы. Праймеры и зонды были подобраны для амплификации фрагмента с таргетными SNP в генах DGKH и PPP1R1C длиной 68 пар нуклеотидов на основе референсной последовательности ДНК на 10-й (NC_056063.1) и 2-й хромосомах (NC_056055.1) овец, представленных в NCBI. Для определения полиморфизма были разработаны тест-системы на основе ПЦР в реальном времени. Генотипы определяли по многопараметрическому графику. Тест-системы апробированы на 147 овцах южной мясной породы.
Результаты. Разработанные тест-системы по перспективным генам DGKH и PPP1R1C позволили четко определять генотипы овец в формате ПЦР-РТ. В гене DGKH были выявлены все три генотипа (Т/Т, С/Т и С/С). В гене PPP1R1C не был идентифицирован гомозиготный генотип (Т/Т) в исследуемой популяции. Тест-системы пригодны для проведения рутинного ДНК-анализа в молекулярно-генетических лабораториях. 

1. Новопашина С.И. и др. Состояние и перспективные направления улучшения генетического потенциала мелкого рогатого скота. Научный аналитический обзор. М.: Росинформагротех. 2019; 80. ISBN 978-5-7367-1537-4 https://elibrary.ru/yummio

2. Селионова М.И., Трухачев В.И., Айбазов А.-М.М., Столповский Ю.А., Зиновьева Н.А. Генетические маркеры в козоводстве (обзор). Сельскохозяйственная биология. 2021; 56(6): 1031–1048. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2021.6.1031rus

3. Machado A.L. et al. Variants in GH, IGF1, and LEP genes associated with body traits in Santa Inês sheep. Scientia Agricola. 2021; 78(3): e20190216. https://doi.org/10.1590/1678-992x-2019-0216

4. Ding N. et al. Genetic Polymorphisms of IGF1 and IGF1R Genes and Their Effects on Growth Traits in Hulun Buir Sheep. Genes. 2022; 13(4): 666. https://doi.org/10.3390/genes13040666

5. Girmay S., Ahmad H.I., Zahra Q.A. A Simulation Analysis and Screening of Deleterious Nonsynonymous Single Nucleotide Polymorphisms (nsSNPs) in Sheep LEP Gene. BioMed Research International. 2022; 7736485. https://doi.org/10.1155/2022/7736485

6. Han J., Forrest R.H., Hickford J.G.H. Genetic variations in the myostatin gene (MSTN) in New Zealand sheep breeds. Molecular Biology Reports. 2013; 40(11): 6379–6384. https://doi.org/10.1007/s11033-013-2752-7

7. Яцык О.А., Телегина Е.Ю. Полиморфизм гена миостатина (mstn) у овец породы манычский меринос. Аграрный вестник Верхневолжья. 2017; (3): 47–53. https://elibrary.ru/ziogub

8. Криворучко А.Ю., Селионова М.И., Сафарян Е.Ю., Яцык О.А. Влияние однонуклеотидных полиморфизмов в гене MyoD1 на показатели мясной продуктивности овец северокавказской породы. Аграрный научный журнал. 2020; (2): 49–54. https://elibrary.ru/lfjgdf

9. Скорых Л.Н., Фоминова И.О., Коваленко Д.В. Полиморфизм гена соматотропина и его взаимосвязь с показателями роста у мясошерстных овец. Зоотехния. 2020; (10): 6–8. https://elibrary.ru/lqgelj

10. Денискова Т.Е. и др. Поиск геномных вариантов, ассоциированных с живой массой у овец, на основе анализа высокоплотных SNP-генотипов. Сельскохозяйственная биология. 2021; 56(2): 279–291. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2021.2.279rus

11. Doyle J.L. et al. Genomic regions associated with muscularity in beef cattle differ in five contrasting cattle breeds. Genetics Selection Evolution. 2020; 52: 2. https://doi.org/10.1186/s12711-020-0523-1

12. Yasuda S. et al. Diacylglycerol Kinase η Augments C-Raf Activity and B-Raf/C-Raf Heterodimerization. Journal of Biological Chemistry. 2009; 284(43): 29559–29570. https://doi.org/10.1074/jbc.M109.043604

13. Widmann P. et al. A systems biology approach using metabolomic data reveals genes and pathways interacting to modulate divergent growth in cattle. BMC Genomics. 2013; 14: 798. https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-798