Характеристика генетической структуры и разнообразия российской популяции свиней венгерской породы мангалица на основе полногеномного SNP-генотипирования

Современное промышленное свиноводство основано на высокопродуктивных породах, однако глобализация селекции снизила генетическое разнообразие, повысив уязвимость отрасли. В этом контексте аборигенные породы, такие как мангалица, представляют ценность благодаря уникальным адаптивным и продуктивным качествам. Ранее проведенные генетические исследования данной породы ограничивались микросателлитными и митохондриальными маркерами. Однако в условиях развития современных геномных технологий особую актуальность имеет применение SNP-анализа. В данной работе впервые применен SNP-анализ для оценки генетического разнообразия российской популяции мангалицы в сравнении с венгерской популяцией и коммерческими породами (дюрок, крупная белая, ландрас), а также дикими кабанами. Полученные результаты показали, что российская популяция мангалицы сохраняет высокую генетическую изменчивость (HO = 0,337 ± 0,001, AR = 1,952 ± 0,001), превышающую показатели исходной венгерской группы (HO = 0,218 ± 0,001). PCA-анализ подтвердил близость российской и венгерской популяций мангалицы, а также отсутствие гибридизации с коммерческими породами. Кластерный анализ выявил генетический компонент дикого кабана, что соответствует истории формирования породы. Российская популяция мангалицы генетически соответствует венгерской и может служить ценным ресурсом для селекции, особенно в условиях адаптации к низким температурам. Полученные данные важны для сохранения биоразнообразия и развития специализированного свиноводства. 

1. Павлова С.В., Козлова Н.А., Мышкина М.С., Щавликова Т.Н. Генетический потенциал племенного свиноводства в настоящее время. Эффективное животноводство. 2021; (9): 81–83.https://elibrary.ru/fwwdvc

2. Nguyen A.T., Kövér G., Tóth P., Curik I., Bokor Á., Nagy I. Population Subdivision and Migration Assessment of Mangalica Pig Breeds Based on Pedigree Analysis. Animals. 2024; 14(4): 653.https://doi.org/10.3390/ani14040653

3. Полковникова В.И. Биологические, этологические особенности свиней породы венгерская мангалица. Пермский аграрный вестник. 2021; (1): 84–92. https://doi.org/10.47737/2307-2873_2021_33_84

4. Roberts M.M., Perkins S.D., Anderson B.L., Sawyer J.T., Brandebourg T.D. Characterization of Growth Performance, Pork Quality, and Body Composition in Mangalica Pigs. Foods. 2023; 12(3):554. https://doi.org/10.3390/foods12030554

5. Харзинова В.Р., Костюнина О.В., Карпушкина Т.В., Быкова О.А., Зиновьева Н.А. Изучение популяционной структуры и генетического разнообразия свиней породы венгерская мангалица на основе анализа микросателлитов. Аграрный вестник Урала. 2019; (7): 77–81. https://doi.org/10.32417/article_5d52b081b3e348.43320197

6. Addo S., Jung L. An insight into the runs of homozygosity distribution and breed differentiation in Mangalitsa pigs. Frontiers in Genetics. 2022; 13: 909986. https://doi.org/10.3389/fgene.2022.909986

7. Schachler K., Distl O., Metzger J. Tracing selection signatures in the pig genome gives evidence for selective pressures on a unique curlyhair phenotype in Mangalitza. Scientific Reports. 2020; 10: 22142. https://doi.org/10.1038/s41598-020-79037-z

8. Iacolina L. et al. Genomic diversity and differentiation of a managed island wild boar population. Heredity. 2016; 116(1): 60–67. https://doi.org/10.1038/hdy.2015.70

9. Yang B. et al. Genome-wide SNP data unveils the globalization of domesticated pigs. Genetics Selection Evolution. 2017; 49: 71. https://doi.org/10.1186/s12711-017-0345-y

10. Lukić B. et al. Conservation Genomic Analysis of the Croatian Indigenous Black Slavonian and Turopolje Pig Breeds. Frontiersin Genetics. 2020; 11: 261. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00261

11. Purcell S. et al. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. American Journal of Human Genetics. 2007; 81(3): 559–575. https://doi.org/10.1086/519795

12. Keenan K., Mcginnity P., Cross T.F., Crozier W.W., Prodöhl P.A. diveRsity: аn R package for the estimation and exploration of population genetics parameters and their associated errors. Methods in Ecology and Evolution. 2013; 4(8): 782–788. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12067

13. Francis R.M. POPHELPER: an R package and web app to analyse and visualize population structure. Molecular Ecology Resources.2017; 17(1): 27–32. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12509

14. Wickham H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. Cham: Springer. 2016; XVI: 260. ISBN 978-3-319-24275-0 https://doi.org/10.1007/978-3-319-24277-4

15. Alexander D.H., Novembre J., Lange K. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals. Genome Research.2009; 19(9): 1655–1664. https://doi.org/10.1101/gr.094052.109

16. Харзинова В.Р. и др. Генетическое разнообразие и филогенетические взаимосвязи пород свиней, разводимых в России, на основе анализа полиморфизма D-петли мтДНК. Генетика. 2022; 58(8): 920–932. https://doi.org/10.31857/S0016675822080045