Характеристика аллелофонда быков производителей холмогорской породы как потенциальных доноров семени для использования в программах сохранения генетических ресурсов

В статье представлены результаты исследований аллелофонда быков-производителей холмогорской породы крупного рогатого скота с целью выявления животных для использования в качестве доноров семени в программах сохранения генетических ресурсов. Выборка быков-производителей (n = 70) была представлена животными 1989–2021 годов рождения. Для анализа были отобраны 115 831 SNP, прошедших контроль качества, в том числе 73 689 SNP после LD-фильтрации. Генетическая чистопородность, оцененная по степени членства в специфическом для холмогорской породы кластере более 95,0%, была подтверждена у 21 из 37 чистопородных (по данным зоотехнического учета) быков-производителей холмогорской породы. Показана возможность дифференциации геномных компонентов Печорского типа холмогорского скота. Выявлены 6 быков-производителей, несущих более 99,99% геномных компонентов данного типа. Расчет IBS-дистанций показал разную степень генетического родства телок-доноров и быков производителей: 0,680 до 0,727 при среднем значении 0,695 ± 0,001.  При разработке программ сохранения генетических ресурсов для сохранения геномных компонентов холмогорского скота при поддержании уровня биоразнообразия целесообразно использовать семя быков-производителей с подтвержденной чистопородностью по результатам SNP-анализа и характеризующихся наименьшими значениями генетического родства, оцененного на основании IBS-дистанций.

1. Багиров В.А., Зиновьева Н.А. Современное состояние и миро вой опыт сохранения генетических ресурсов сельскохозяйствен ных животных. Успехи наук о животных. 2024; (1): 5–24. EDN HFWUEH

2. Zinovieva N.A. et al. Conservation of Native Livestock Breeds in Russia: Current State and Promising Prospects. Animals. 2025; 15(21): 3103. http://doi.org/10.3390/ani15213103

3. Boettcher P.J., Stella A., Pizzi F., Gandini G. The combined use of embryos and semen for cryogenic conservation of mammalian livestock genetic resources. Genetics Selection Evolution. 2005; 37(7): 657–675. http://doi.org/10.1051/gse:2005022

4. Матюков В.С., Тырина Ю.О., Кантанен Ю., Столповский Ю.А. О генетических особенностях и селекционной ценности местного скота (на примере холмогорской породы). Сельскохозяйственная биология. 2013; (2): 19–30. http://doi.org/10.15389/agrobiology.2013.2.19rus

5. Эрнст Л.К. Дмитриев Н.Г., Паронян И.А. (сост.). Генетические ресурсы сельскохозяйственных животных в России и сопредель ных странах. СПб.: ВНИИГРЖ. 1994; 469. ISBN 92-5-102582-7

6. Матюков В.С., Жариков Я.А., Николаев С.В. Внутрипопуляцион ная генетическая дифференциация быков холмогорской породы Республики Коми по микросателлитам. Известия Коми научного центра Уральского отделения Российской академии наук. 2025; (1): 75–82. http://doi.org/10.19110/1994-5655-2025-1-75-82

7. Дунин И.М., Дунин М.И., Аджибеков В.К. Породная и генети ко-селекционная база отечественного животноводства. Зоотех ния. 2021; (1): 2–6. http://doi.org/10.25708/ZT.2020.66.16.001

8. Николаев С.В., Ялуга В.Л. Генетическая характеристика бы ков-производителей холмогорской породы в зависимости от их линейной принадлежности и уровня голштинизации. Аграрная наука. 2024; (6): 77–81. https://doi.org/10.32634/0869-8155-2024-383-6-77-81

9. Прожерин В.П., Селькова И.В., Калашников А.Е. Генетическая изменчивость быков-производителей архангельской популяции холмогорской породы крупного рогатого скота по поколениям. Вестник Рязанского государственного агротехнологического университета имени П.А. Костычева. 2020; (4): 47–54. http://doi.org/10.36508/RSATU.2020.48.4.007

10. Мещеров Р.К., Ходыков В.П., Мещеров Ш.Р., Никулкин Н.С. Породная инвентаризация племенных ресурсов холмогорской породы крупного рогатого скота в Российской Федерации. Агро ЗооТехника. 2022; 5(1). https://doi.org/10.15838/alt.2022.5.1.6

11. Sermyagin A.A. et al. Whole-genome SNP analysis elucidates the genetic structure of Russian cattle and its relationship with Eurasian taurine breeds. Genetics Selection Evolution. 2018; 50: 37. http://doi.org/10.1186/s12711-018-0408-8

12. Yurchenko A. et al. Genome-wide genotyping uncovers genetic profiles and history of the Russian cattle breeds. Heredity. 2018; 120(2): 125–137. http://doi.org/10.1038/s41437-017-0024-3

13. Волкова В.В., Романенкова О.С., Денискова Т.Е., Мишина А.И., Костюнина О.В., Зиновьева Н.А. Характеристика аллелофонда холмогорской породы крупного рогатого скота с использованием STR-маркеров. Молочное и мясное скотоводство. 2019; (7): 3–7. EDN AEVYPA

14. Матюков В.С., Жариков Я.А. Генетическое разнообразие со храненной и предковой популяций чистопородного холмогорского скота Республики Коми. Известия Коми научного центра Уральско го отделения Российской академии наук. 2023; (7): 103–111. http://doi.org/10.19110/1994-5655-2023-7-103-111

15. Buggiotti L. et al. Demographic History, Adaptation, and NRAP Convergent Evolution at Amino Acid Residue 100 in the World Northernmost Cattle from Siberia. Molecular Biology and Evolution. 2021; 38(8): 3093–3110. https://doi.org/10.1093/molbev/msab078

16. Абдельманова А.С. и др. Оценка генетических взаимосвязей пород крупного рогатого скота черно-пестрого корня с предко выми популяциями на основе полногеномного SNP-генотипиро вания современных и музейных образцов. Сельскохозяйственная биология. 2024; 59(4): 605–619. EDN WEHODK

17. Калашников А.Е., Ялуга В.Л. Изменение встречаемости аллелей EAB-локуса групп крови у скота холмогорской породы вследствие голштинизации. Известия Кабардино-Балкарского государственного аграрного университета им. В.М. Кокова. 2022; (3): 66–78. http://doi.org/10.55196/2411-3492-2022-3-37-66-78

18. Шукюрова Е.Б. Аллелофонд голштинизированного крупного рогатого скота холмогорской породы, разводимого в Камчатском крае. Вестник Бурятской государственной сельскохозяйственной академии им. В.Р. Филиппова. 2025; (2): 44–51. http://doi.org/10.34655/bgsha.2025.79.2.006

19. Матюков В.С., Лейченко А.С., Жариков Я.А., Николаев С.В. Структура STR-аллелофонда популяции быков холмогорской породы банка криоконсервированного семени, сохраненного в Республике Коми. Генетика. 2025; 61(1): 82–90. https://doi.org/10.7868/s3034510325010081

20. Фирсова Э.В., Митюков А.С. Молочное скотоводство Мурман ской области. Известия Санкт-Петербургского государственного аграрного университета. 2020; 59: 92–96. EDN CTEKSH

21. Матюков В.С., Жариков Я.А., Лобов Д.В. Сохранить холмо горскую породу — основу органического сельского хозяйства на севере. Известия Санкт-Петербургского государственного аграрного университета. 2019; 55: 63–69. https://doi.org/10.24411/2078-1318-2019-12063

22. Мальцева И.С. Вопросы комплексного развития молоч но-мясного скотоводства Республики Коми. Север и рынок: формирование экономического порядка. 2024; (1): 82–92. https://doi.org/10.37614/2220-802X.1.2024.83.006

23. Мальцева И.С. Подходы к формированию устойчивого ското водства в северном регионе. Актуальные проблемы, направления и механизмы развития производительных сил Севера — 2024. Сборник статей Девятой Всероссийской научно-практической конференции (с международным участием). Воронеж: Строки. 2024; 2: 23–30. EDN FKYVGT

24. Бахтина С.Ю., Парамонова М.А., Ганиева И.Н. Динамика гене тического разнообразия в поколениях крупного рогатого скота. Молодые ученые: преемственность наследия, взгляд в будущее. Сборник материалов I Всероссийской научно-практической кон ференции молодых ученых и специалистов ФГБНУ РосНИИСК «Россорго», посвященной Дню российской науки. Саратов. 2025; 25–30. EDN ULTNUZ

25. Николаев С.В. Генетическая характеристика Печорского типа холмогорского скота по микросателлитным ДНК-маркерам. Гене тика и разведение животных. 2020; (4): 61–66. https://doi.org/10.31043/2410-2733-2020-4-61-66