Диагностически значимые однонуклеотидные полиморфизмы в локусе env-гена для SNP-генотипирования Bovine leukemia virus

Актуальность. Этиологическим агентом развития персистентного лимфоцитоза и лимфосаркомы у крупного рогатого скота является Bovine leukemia virus. Филогенетический анализ секвенированных нуклеотидных последовательностей локуса env-гена BLV основной, но не единственный подход к генотипической классификации возбудителя.

Методы. Цель исследования — выявление однонуклеотидных полиморфизмов в локусе env-гена Bovine leukemia virus, рассматриваемых в качестве диагностически значимых для SNP-генотипирования BLV на основе анализа данных прямого секвенирования ПЦР-продукта.

Результаты. Выравниванием нуклеотидных последовательностей локуса env-гена 101 типового изолята BLV известных генотипов Bovine leukemia virus выявлено 155 однонуклеотидных полиморфизмов, из которых 35 SNP рассматривались в качестве диагностически значимых. При этом для SNP-генотипирования BLV достаточен анализ по 22 охарактеризованным однонуклеотидным полиморфизмам, 14 из которых являются генотип-специфичными по отношению к 9 генотипам изучаемого вирусного патогена (C232G — для 3-го, G84A — 4-го, A117G, T326C и C412T — 5-го, C394T — 8-го, C40G — 9-го, C132T — 10-го, T113A и T256С — 11-го, T49С и G140A — 12-го, C83A и T304С — для 13-го генотипа), тем самым обеспечивая их идентификацию. Другие 8 охарактеризованных полиморфных позиций не являются генотип-специфичными, но интерпретация результатов их детекции имеет идентификационную ценность в отношении оставшихся 4 генотипов BLV: 1-го (G205G и A337A), 2-го (T220С и A334G), 6-го (A127R, C132C, T153C и C341С) и 7-го (T220C и A334A) соответственно.

1. Донник И.М., Гулюкин М.И., Бусол В.А., Коваленко Л.В., Коваленко А.М. Лейкоз крупного рогатого скота: диагностика, оздоровление, антропозоонозный потенциал (история вопроса) (обзор). Сельскохозяйственная биология. 2021; 56(2): 230–244. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2021.2.230rus

2. Глазко В.И., Косовский Г.Ю., Глазко Т.Т., Донник И.М. Клеточные и надклеточные уровни взаимодействия ретровирусов с хозяином на примере вируса бычьего лейкоза. Сообщение I. Проникновение в клетку и интеграция в геном хозяина (обзор). Сельскохозяйственная биология. 2018; 53(6): 1093–1106. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2018.6.1093rus

3. Глазко В.И., Косовский Г.Ю., Федорова Л.М., Глазко Т.Т. Клеточные и надклеточные уровни взаимодействия ретровирусов с хозяином на примере вируса бычьего лейкоза. Сообщение II. Критические стадии — поливариантность, универсальность (обзор). Сельскохозяйственная биология. 2021; 56(6): 1079–1098. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2021.6.1079rus

4. Le D.T. et al. Detection and genotyping of bovine leukemia virus (BLV) in Vietnamese cattle. Journal of Veterinary Medical Science. 2020; 82(7): 1042– 1050. https://doi.org/10.1292/jvms.20-0094

5. Гулюкин М.И., Капустина О.В., Ездакова И.Ю., Вальциферова С.В., Степанова Т.В., Аноятбеков М. Выявление специфических антител классов G и M к вирусу лейкоза крупного рогатого скота в сыворотках крови. Вопросы вирусологии. 2019; 64(4): 173–177. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2019-64-4-173-177

6. Marawan M.A. et al. Bovine leukaemia virus: current epidemiological circumstance and future prospective. Viruses. 2021; 13(11): 2167. https://doi.org/10.3390/v13112167

7. Abdala A. et al. BLV: lessons on vaccine development. Retrovirology. 2019; 16: 26. https://doi.org/10.1186/s12977-019-0488-8

8. Sultanov A. et al. Molecular characterization of bovine leukemia virus with the evidence of a new genotype circulating in cattle from Kazakhstan. Pathogens. 2022; 11(2): 180. https://doi.org/10.3390/pathogens11020180

9. Вафин Р.Р. и др. Генотипическая идентификация вируса бычьего лейкоза. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014; (4): 34–40. https://doi.org/10.3103/S0891416814040120

10. Vafin R.R. et al. Genotypic identification of the bovine leukemia virus. Molecular Genetics, Microbiology and Virology. 2014; 29(4): 195–203. https://doi.org/10.3103/S0891416814040120

11. Nishikaku K. et al. Broadly applicable PCR restriction fragment length polymorphism method for genotyping bovine leukemia virus. Journal of Veterinary Medical Science. 2019; 81(8): 1157–1161. https://doi.org/10.1292/jvms.18-0603

12. Вафин Р.Р., Гильманов Х.Х., Шастин П.Н., Савинов В.А., Лопунов С.В., Гулюкин А.М. Усовершенствованная стратегия ПЦР-ПДРФ-генотипирования BLV и ее согласованность с филогенетической классификацией. Ветеринария и кормление. 2023; (3): 14–19. https://doi.org/10.30917/ATTVK-1814-9588-2023-3-4

13. Yang Y., Chu S., Shang S., Yang Z., Wang C. Short communication: Genotyping and single nucleotide polymorphism analysis of bovine leukemia virus in Chinese dairy cattle. Journal of Dairy Science. 2019; 102(4): 3469– 3473. https://doi.org/10.3168/jds.2018-15481