Полиморфизм некодирующих последовательностей у овец карачаевской породы

Актуальность. Генетическая структура автохтонных пород овец представляет особый интерес, поскольку позволяет оценивать пути распространения генетических потоков древнего овцеводства, а также выявлять молекулярно-генетические системы и их полиморфизм, ассоциированные с механизмами адаптации к меняющимся условиям окружающей среды. С целью сравнения генетических структур грубошерстных пород овец — карачаевской, калмыцкой и эдильбаевской, отличающихся по происхождению и условиям разведения, в работе оценены особенности генетических структур путем полилокусного генотипирования высокополиморфных геномных элементов — длинных концевых повторов пяти ретротранспозонов: SIRE-1, PaswS 5, BARE-1, BERV β-3 и BERV k-1. В результате получены данные о высоком полиморфизме фрагментов геномной ДНК, фланкированных инвертированными повторами участков этих ретротранспозонов, причем по трем из них (SIRE-1, PaswS 5 и BARE-1) калмыцкие и эдильбаевские овцы оказались ближе друг к другу, чем к карачаевской овце, что соответствует накопленным данным об уникальности происхождения и условий обитания карачаевской породы.

1. Гаджиев З.К. Перспективы развития грубошерстных овец мясошерстно-молочного направления продуктивности на Северном Кавказе. Сельскохозяйственный журнал, 2009; 2(2–2): 17–21.

2. Suárez-Vega A., Arranz J.J., Gutiérrez-Gil B. Integration of selective sweeps across the sheep genome: understanding the relationship between production and adaptation traits. Genet Sel Evol. 2024; 56(1): 40. https://doi.org/10.1186/s12711-024-00910-w

3. Yurchenko A.A. et al. High-density genotyping reveals signatures of selection related to acclimation and economically important traits in 15 local sheep breeds from Russia. BMC Genomics. 2019; 8: 20(S3): 294. https://doi.org/10.1186/s12864-019-5537-0

4. Глазко В.И., Косовский Г.Ю., Глазко Т.Т. Доместикация как частный случай эволюции: об универсальности принципов и механизмов (обзор). Сельскохозяйственная биология. 2023; 58(5): 821–839. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2023.5.821rus

5. Laten H.M., Morris R.O. SIRE-1, a long interspersed repetitive DNA element from soybean with weak sequence similarity to retrotransposons: initial characterization and partial sequence. Gene. 1993; 8: 134(2): 153–159. https://doi.org/10.1016/0378-1119(93)90089-l

6. Laten H.M., Havecker E.R., Farmer L.M., Voytas D.F. ‘SIRE1, an Endogenous Retrovirus Family from Glycine max, Is Highly Homogeneous and Evolutionarily Young Mol. Biol. Evol. 2003; 20(8): 1222–1230. https://doi.org/10.1093/molbev/msg142

7. Lee J.H., Graybosch R.A., Kaeppler S.M., Sears R.G. A PCR assay for detection of a 2RL.2BS wheat-rye chromosome translocation. Genome. 1996; 39(3): 605–608. https://doi.org/10.1139/g96-076

8. Manninen I., Schulman A.H. BARE-1, a’copia-like retroelement in barley (Hordeum vulgare L.). Plant Mol Biol. 1996; 22(5): 829–846. https://doi.org/10.1007/BF00027369

9. Galli J., Almiñana C., Wiesendanger M., Schuler G., Kowalewski M.P., Klisch K. Bovine placental extracellular vesicles carry the fusogenic syncytin BERV-K1. Theriogenology. 2024; 223: 59–69. https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2024.04.012

10. Baba K. et al. Identification of novel endogenous beta retroviruses which are transcribed in the bovine placenta. J Virol. 2011; 85(3):1237–1245. https://doi.org/10.1128/JVI.01234-10

11. Xiao R., Kim J., Choi H., Park K., Lee H., Park C. Characterization of the bovine endogenous retrovirus beta3 genome. Mol Cells. 2008; 29: 25(1): 142–147.

12. Sakurai T., Kusama K., Imakawa K. Progressive Exaptation of Endogenous Retroviruses in Placental Evolution in Cattle. Biomolecules. 2023; 13(12): 1680. https://doi.org/10.3390/biom13121680

13. Гладырь Е.А. и др. Оценка степени дифференциации эдильбаевской и калмыцкой пород овец по микросателлитам. Достижения науки и техники АПК. 2013; 3: 68–70.

14. Nei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics. 1978; 89(3): 583–590. https://doi.org/10.1093/genetics/89.3.583